Добрый день, а у нас пока ТОЙОТА молчит! Ни писем, ни звонков. Наверное тоже в шоке, или думают что делать. 
Есть одно предположение, что сбой при прошивке ЭБУ мог произойти из-за установленного на автомобиле комплекса Цезарь-Сателлит, который кстати сами ОД и установили при продаже. Будем разбираться.
если бы произошел сбой то прошивка не завершилась бы ... при перепрограммировании есть два варианта или она прошилась или нет .. третьего не бывает..при прошивки есть такое понятие как верификация по русски проверка ....не завершив верификацию процесс не завершается
ваш сателлит да может влиять на прошивку ... но не так как вы думаете он просто снимет напряжение на гнезде ODB2 и проццес не начнется .. дилеры это знают и подают питание напрямую в гнездо
просите подменить ЭБУ на другой с заведомо нормальной машины например с тестдрайвовской .. и я больше чем уверен что будет то же самое
я понимаю про вибрацию усилилась - немного упали холостые обороты и вот она вибрация. посторонний шум в двигателе - как это понять цепь шуметь стала поршня по цилиндрам стучать стали . или как вы определили увеличившейся шум ? коробка стала тупить - тут вообще без коментов (походу и раньше не нравилось ) так как написали что стала тупить ещё больше...
все ваши симптомы больше похожи на проблему с топливом или топливной ..но ни как не с прошивкой ..
если бы что то с прошивкой или с ЭБУ то поверь ты бы это увидел на панели в виде неисправности и в диагностике было бы куча бестолковых ошибок приблизительно таких при которых авто по логике не должно вообще заводиться..