Маленький АКБ лучше использовать как резервный, а запитываться с основного, тк питание нужно всегда, а резерв это как раз на крайний случай.
Поставить основные блоки в багажнике можно, но тогда, что бы все это скрыто подключить, надо будет разбирать весь салон, а это долго и дорого(если не сам делаешь), да и не факт, что сигнал глушилки не достанет до багажника.
Управляя замками капота, под капотом должны быть блокировки. Безпроводные по радиоканалу, могут глючить, так что придеться использовать кодовые(где разрешение блокировки идет по проводу).
Ну, а что бы угонщики успокоились и возможно пришел сигнал тревоги, для этого лучше использовать маяк-закладку, которая для этого и предназначена.