В 8:30 МИД Израиля передал главе Организации ООН по Наблюдению за Перемирием генералу Буллу письмо для короля Иордании Хусейна. В письме короля просили воздержаться от вступления в войну и давалось обещание, что в случае неучастия Иордании в войне ей не будет причинено вреда. Письмо было передано королю только в 11:00, но он отверг его, указав, что его самолёты уже на пути к израильским целям.
В Иерусалиме спорадические бои начались в 10:15 утра. В 11:45 иорданский арабский легион начал миномётные обстрелы целей в Западном Иерусалиме, а иорданская артиллерия начала наносить удары по целям к востоку от Тель-Авива и по Изреельской долине.
Подкрепление, направленное бригадным генералом Узи Наркисом командующему центральными силами, позволило тому начать наступление силами трёх бригад. Главными в операции были парашютисты подразделений полковника Мордехая (Моты) Гура. В тот же день они приблизились к стенам Старого города, где гарнизоном командовал иорданский бригадный генерал Ата Али.
6 июня. Второй день. Пара тяжёлых бомбардировщиков Ту-16 ВВС Ирака нанесла бомбовые удары в глубине израильской обороны. Один из них был обнаружен и поврежден над г. Натанией, но сбросив бомбы прямо над центральной ее улицей, сумел вернуться на авиабазу Хаббанияruen. Второй был подбит зенитным огнём после бомбежки г. Афула, и его командир направил горящий самолёт на израильскую военную базу.
Всего к концу войны израильтяне уничтожили около 450 самолётов противника, из них 70 в ходе воздушных боёв, а остальные на земле. Сам Израиль потерял 50 самолётов (среди них 6 учебных самолётов Fouga СМ.170 Magister, участвовавших в боях на иорданском фронте).
Израильское наступление на Старый город было остановлено сильным и упорным сопротивлением. Тем не менее, окружение города было завершено — части танковой бригады захватили Рамаллу на севере, другая бригада заняла Латрун на юго-западе. Впервые после 1947 г. дорога Тель-Авив — Иерусалим была открыта для израильского движения.
7 июня. Третий день. Полковник Гур штурмом взял Старый город. Около полудня был захвачен Вифлеем, чуть позже — Гуш Эцион. Обе стороны принимают предложение СБ ООН о прекращении огня с 20:00.
Израильтяне, продолжая натиск на Наблус, после кровопролитного сражения овладели им. Сильно поредевшие иорданские силы переправились через реку Иордан, где оставались до прекращения огня.
5—8 июня. Первый — четвёртый день. Голанские высоты удерживали шесть сирийских бригад (с шестью в резерве) на востоке Кунейтры. Вечером 5 июня ударами израильских ВВС было уничтожено приблизительно две трети всех сирийских ВВС. В течение четырёх дней происходили артиллерийские дуэли, стороны не предпринимали попыток завладеть инициативой.
9 июня. Пятый день. Элазар получил приказ срочно начать наступление рано утром. Он сконцентрировал войска для первоначального броска через район Дан-Баниас севернее Голанского плато, вдоль подножия горы Хермон. К ночи эти силы прорвали сирийскую оборону, и три бригады вышли на плато рано утром следующего дня.
10 июня. Шестой день. Израильтяне прорвались через сирийскую оборону на севере Голанских высот, затем усилили лобовую атаку через плато, чтобы подойти к Кунейтре с севера, запада и юго-запада. Одновременно группа войск, передислоцированная с Иорданского фронта, угрожала Кунейтре с юга. К вечеру Кунейтра была окружена, и бронетанковое подразделение вошло в город.
Прекращение огня вступило в силу в 19:30.
8 июня 1967 года судно ВМС США «Либерти», занимавшееся радиоэлектронной разведкой у берегов Синайского полуострова (как утверждается — «без опознавательных знаков») и вошедшее в зону военных действий, во второй половине дня было атаковано израильскими самолётами и торпедными катерами. В результате атаки погибли 34 и было ранено 173 американских моряка.
По заявлению израильской стороны, корабль был «ошибочно идентифицирован». По другим предположениям корабль был атакован израильтянами намеренно с целью помешать США собирать информацию о военных действиях в регионе, в частности не дать им обнаружить передвижение израильских войск в Галилее в преддверии захвата Голанских высот.
6 июня израильский эсминец «Яфо» потопил египетский ракетный катер близ Порт-Саида.
Израильские водолазы-диверсанты были посланы в гавани Порт-Саида и Александрии, но не смогли повредить ни одного корабля. 6 израильских водолазов были схвачены в Александрии и попали в плен