Я не вчитывался в суть ДТП. Главное понять одно, что в соответствии с п.2 ст.4.4 КоАП при совершении одного действия лицом, содержащего составы 2-х и более алминистративных правонарушений ( в вашем случае, проехал на запрещающий сигнал светофора и в результате чего произошло ДТП, в ходе которого пострадал человек; действие было одно - это проезд на запрещающий сигнал светофора, а пострадавший это последствия которые наступили в результате действия) назначается наказание, где более строгие санкции. В ст.12.24 по отношению к ст.12.12 более строгие санкции, так как там предусмотрено лишение ВУ. В данной ситуации следует, что постановление о назначении административного наказания должно быть вынесено с учетом требований ст.4.4 КоАП РФ, в котором будет расписано и проезд на запрещающий сигнал светофора и вред причененный в результате ДТП.
Но есть одно НО! в п.2 ст.4.4 КоАП РФ указано, и рассмотрение дел о которых подведомственно одному и тому же судье, органу, должностному лицу. Из вашей ситуации получается, что ст. 12.24 может рассмотреть командир строегого подразделения или его заметители лиюо суд, а по ст. 12.12 может и инспектор ДПС либо инспектора ИАЗа (группа разбора).
С моей точки зрения надо виновнику выписывать штраф за светофор и привлекать по ст.12.24. Судьи у нас, буквально неделю назад на совещании, сказали, что они не будут брать такую ответственность на себя и все дела по ст.12.24 прекращают., при условии что уже водителей привлекли к административной ответственности за светофор.