Все давно уже приведено к единому знаменателю, есть официальные таблицы соответствия русского алфавита-латинскому, есть нормативные документы по написанию для разных организаций, как пример ниже:
В п. 97 Административного регламента, утвержденного приказом ФМС России N 320 от 15 октября 2012 г.[12], указывается, что транслитерация (простое замещение русских букв на латинские) производится в соответствии с рекомендованным ИКАО международным стандартом. Описание рекомендаций по транслитерации включено в документ «Doc 9303. Машиносчитываемые проездные документы» (часть 3 «Спецификации, общие для всех МСПД», раздел 6, блок B «Транслитерация кириллических знаков»)[13].
П. 99 того же Административного регламента допускает внесение в паспорт информации о владельце паспорта буквами латинского алфавита в соответствии с представленными (заявителем) документами.
ИМХО Для чистоты , ФИО должны быть написаны одинаково во всех документах, в противном случае, это может явиться зацепкой в самый не подходящий момент. Простыми словами, если нужна будет причина, то это и будет являться причиной)))